A VerdeFam organiza-se a nível nacional e regional através dos seguintes órgãos, respectivamente:

•    Assembleia-Geral Nacional;
•    Conselho Directivo Nacional;
•    Concelho Fiscal Nacional;
•    Movimento de Acção Jovem Nacional;
•    Assembleia-Geral Regional;
•    Concelho Fiscal Regional;
•    Movimento de Acção Jovem.

A Assembleia-geral é o Órgão supremo da Associação. É da sua competência, de entre outras, a definição das linhas gerais de actuação da associação, a aprovação dos estatutos e respectivas alterações, a aprovação do Plano de Actividade e Orçamento e a eleição dos membros dos diversos órgãos estatutários.

O Conselho Directivo Nacional (CDN) é o órgão colegial que assegura a direcção e a gestão da VerdeFam com vista à realização dos seus objectivos.

Ao Concelho Fiscal Nacional compete fiscalizar toda a acção da VerdeFam, zelando pelo cumprimento dos seus estatutos e regulamentos.

Os órgãos regionais possuem as mesmas competências que o seus homólogos nacionais, com os quais se articulam.
Organização e funcionamento
Para apoiar o Concelho Directivo Nacional, órgão de voluntários, no desenvolvimento das suas atribuições, a Associação possui um corpo de pessoal assalariado, coordenado por um Director Executivo.
Como serviços de suporte, dispõe de oito Centros de informação e Serviços de Saúde Reprodutiva (CINSAÚDE), nomeadamente:

•    Praia (Palmarejo e Várzea, sendo este último exclusivamente dedicado ao atendimento  dos  jovens);
•    Mindelo (São Vicente);
•    Vila do Tarrafal e Chão Bom (Tarrafal de Santiago);
•    São Filipe (Fogo);
•    Ribeira Grande (Santo Antão); e
•    Sal.

Estatutos VerdeFam